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松原人才网-贝叶斯法构建退步树:MrBayes

2019-08-08 21:51 出处:松原新闻  人气:   评论( 0

应用贝叶斯法构建退步树的软件有不少。在那里简要介绍MrBayes的搁置以及应用。如下介绍是对几何种贝叶斯法构建退步树软件的简介:

MrBayes is a program for Bayesian inference and model choice across a wide range of phylogenetic and evolutionary models. MrBayes uses Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods to estimate the posterior distribution of model parameters.

BAMBE A nice program by Bret Larget and Donald Simon for the Bayesian inference of phylogeny.

Mac5 A program by Paul-Michael Agapow that deals with gaps as a fifth state.

Beast BEAST, written by Alexei Drummond and Andrew Rambaut, is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is particularly good for molecular clock analyses.

PHASE Paul Higgs is the author of Phase, designed specifically for use with RNA sequences that have a conserved secondary structure, e.g. rRNA and tRNA.

2. MrBayes的搁置

经过MrByes官网:来下载MrBayes软件并搁置。软件包中有其PDF样式的Manual。在windows细碎下的MrBayes不能阻止多线程运转,在Linux下则能很好地举行并走运算。

MrBayes的搁置进程须要寄望:其src文件夹的源码文件中有个名为CompileInstructions.txt的文件,介绍了怎样举行软件的搁置。

$ sudo yum install openmpi* mpi* $ wget ?source=files $ tar zxf mrbayes-3.*.*.tar.gz $ cd mrbayes_3.*.*/src $ autoconf $ ./configure --with-beagle=no --enable-mpi=yes $ make -j 8 $ sudo cp mb /usr/local/bin (optional)

如下是应用MrBayes的指令,

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,复线程或多线程运转MrBayes.

$ ./mb $ cat > ~/.mpd.conf MPD_SECRETWORD=mr45-j9z $ chmod 600 ~/.mpd.conf $ mpd & $ mpirun -np 8 ./mb MrBayes v3.2.1 x64 (Bayesian Analysis of Phylogeny) (Parallel version) (24 processors available) Distributed under the GNU General Public License Type "help" or "help " for information on the commands that are available. Type "about" for authorship and general information about the program. MrBayes > 附加使用心患上

1. 应用多线程版本获患上的树状图以及复线程版本的树状图彻底沟通样,不合太大。多线程版本的树状图彻底是悉数的分收都集合到一个点上,而复线程的便失常了。那或者是由于不会应用多线程运转MrBayes的起因 或 软件在多线程下的运算行径不好(或者性很小)

2. 在应用MrBayes 3.2.1版本中,发现默许下患上出的tree文件中在treeview软件中显露不出后验概率,而3.1.2版本有。

3. 然而在64位的Linux细碎中应用3.1.2版本总是会Crash (core dumped)。幸好得此网页中找到了打点行径:Bioinformatics applications at University of Canterbury HPC。

须要对Mrbayes搁置包中多个文件举行改动,行径等于打个补丁:mb_64bit_safe.patch,再以64位的参数来make。措施下列:

$ wget $ tar zxf mrbayes-3.1.2.tar.gz $ cd mrbayes-3.1.2 $ wget https://technical.bestgrid.org/images/7/73/Mb_64bit-safe.patch.txt $ patch -R -p 1 < Mb_64bit-safe.patch.txt $ OBJECT_MODE=64 make _64BIT=yes

至此,则运转MrBayes失常了。

3. MrBayes的弘远教程 3.1 应用MrBayes来做一个经典的 Bayesian phylogenetic analysis,蕴含4个措施:

a. Read the Nexus data file
b. Set the evolutionary model
c. Run the analysis
d. Summarize the samples

3.2 MrBayes分步演示

1. 导入nex文件.本案例应用多线程运转的演示,应用24个CPU运转流动。

$ mpd & $ mpirun -np 24 mb MrBayes > execute example.nex

2. 设置设施铺排退步模型参数.本例中设天命据为DNA数据.

MrBayes > lset nst=6 rates=invgamma

3.1 主流动运转。
如下呼唤中nchains的值要 >= 设置设施铺排应用CPU数。在复线程运转的时分可以大概大概不须要设置设施铺排,而在多线程运转的时分不设置设施铺排则会报错;ngen则是运转的长度,默许1,000,000次;samplefreq则是取样频次,每一隔屡次运转次数取一次样;printfreq是打印频次,即每一运转屡次将打印一行机能到屏幕上,默以为500;diagnfreq则代表每一运转屡次正文一次机能,患上出 Average standard deviation of split frequencies,默许是5,000.

运转时,会在输出到屏幕的着末一列看到猜想的流动渣滓运转功夫。

MrBayes > mcmc nchains=24 ngen=2000000 samplefreq=1000 printfreq=500 diagnfreq=5000

3.2 要是在设定的代数运转竣过后,给出的 Average standard deviation of split frequencies的值小于0.01,

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,则依照提示输入‘no'来截止运转,反之则输入'yes'中缀运转曲到适意其值小于0.01为止。

If you are intersted mainly in the well-supported parts of the tree, a standard deviation below 0.05 may be adequate.

4.1 应用sump来对参数值举行归结。设置设施铺排的burnin值为 (ngen / samplefreq) * 0.25 。流动给出一个归结综合的表,要确保PSRF一列中的值濒临 1.0,否则须要运转该多的代数。

MrBayes > sump burnin=500

4.2 应用sumt来构树。burnin值以及前一个雷同

MrBayes > sumt burnin=500 4. 子细的MrBayes应用教程 4.1 将数据导入到MrBayes
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    本文标签: 贝叶斯法构建进化MrBayes

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